В будущем 2029 году компьютерные технологии достигли такого развития, что теперь можно делать киборгов, полностью интегрированных во всемирную паутину. Главной героиней является Кусанаги Мотоко. Она киборг, имеет разум человека и находится внутри кибернетического организма. Она майор 9 отделения, ее создали для проведения специальных операций правительства. В сети начинает орудовать некий Кукловод, который манипулирует людьми внутри сети, он заставляет пострадавших работать в его интересах. Ее поисками и будет заниматься 9 отделение!